巨大迷路を攻略し出口を見つけたトーマスたちは、外の世界で自分たちを操っていたのが“WCKD”という組織であることを知る。彼らが身柄を保護された施設にはすでに多くの若者たちがいた。実は他にも迷路が存在し、それをサバイブした者が集められていたのだ。やがてトーマスは、若者の一人エリスから驚愕の事実を聞く。保護されたと思われたこの施設こそWCKDの人体実験施設で、皆はその材料に使われる運命にあると…。

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